El fundador fue el conocido genealogista D. Adolfo de Morales Sánchez-Tagle (1916-1993), quien ejerció la Presidencia con carácter vitalicio. La nueva institución se denominó inicialmente Instituto Genealógico Boliviano y, en 1949, adoptó su nombre definitivo. 

En 1995, un grupo de aficionados y profesionales reunidos en torno a D. Carlos Calvo Galindo decidió reactivar el Instituto. La iniciativa, que en los hechos constituyó una refundación, se formalizó el 31 de julio de ese año con la aprobación de nuevos estatutos y reglamentos. 

Acta de la Sesión Solemne de la Asamblea General Extraordinaria del Instituto Boliviano de Genealogía del 31 de julio de 1995 (extracto) 

Los suscritos Adolfo Aponte Tineo, René D. Arze Aguirre, Fernando Cajías de la Vega, Sandro Calvani, Carlos Calvo Galindo, Gonzalo Campero Paz, Javier Campero Paz, Rolando Costa Arduz, David V. De Rojas Silva, Laura Escobari Cusicanqui, Eudoro Galindo Anze, Javier Galindo Cueto, Carlos Gerke Mendieta, María Luisa Kent Solares, Yves de la Goublaye de Menorval, Irma Landivar de Zambrana, Juan José Leñero Ferrari, Clara López Beltrán, Roger Mercado Antelo, Plácido Molina Barberi, Héctor Ormachea Peñaranda, Fernando Paz Baldivieso, Leticia Paz-Campero de Sánchez de Lozada, José Luis Roca García, Luis Fernando Roca García, Pedro Querejazu Leytón, Rolando Rivero Lavayén, Fernando Salazar Paredes, Jorge Siles Salinas, Eduardo Trigo O’Connor d’Arlach, Crisanto Valverde Barberí, Jorge Zambrana Cronenbold, Alberto Zelada Castedo y Elvira Zilveti de Peñaranda, reunidos en Sesión Solemne de la Asamblea General Extraordinaria del Instituto Boliviano de Genealogía, hemos acordado los siguientes puntos: 
 
1. Es preciso y urgente reactivar las labores del Instituto Boliviano de Genealogía, que fuera fundado en La Paz, Bolivia, en 1948 (sic) y cuyos estatutos iniciales fueron reconocidos mediante Resolución Suprema N.º 32095, de 15 de febrero de 1949. 
2. Se aprobó el escudo realizado por D. David De Rojas. 
3. Se nombró Miembro Honorario a D. Mario Bedoya Ballivián. 
 
(Siguen las firmas de los arriba nombrados.) 

Durante la presidencia de D. Carlos Calvo Galindo se llevó a cabo en Sucre, en 1998, la VIII Reunión Americana de Genealogía, con la asistencia de numerosos y destacados genealogistas del mundo hispanoamericano. Debido a una enfermedad del Presidente, la reunión fue presidida por D. Yves de Menorval, entonces Vicepresidente del Instituto. 

Carlos Calvo Galindo desarrolló una fecunda labor de reorganización institucional. Impulsó la renovación de los estudios genealógicos mediante la incorporación de conceptos y métodos científicos y alentó a nuevos investigadores a emprender una «limpieza genealógica»: la revisión crítica y depuración de fantasías y mitos repetidos durante generaciones sin respaldo documental. 

A Carlos Calvo Galindo lo sucedió en la Presidencia D. Héctor Ormachea Zalles, quien dio continuidad a la labor de su predecesor, incentivando la investigación y las publicaciones. 

Un apoyo fundamental para la institución fue D. David de Rojas Silva, erudito heraldista formado en Madrid, quien publicó numerosos trabajos en este campo y otros relacionados con su formación como antropólogo. En este portal se recogen algunos de sus estudios. Su prematura muerte lo sorprendió en plena producción intelectual y dejó un vacío en el campo de la heráldica que la Academia no ha logrado llenar. 

A D. Héctor Ormachea lo sucedió D. Yves de la Goublaye de Menorval y Rodríguez-Quirós, costarricense de nacimiento, francés por línea paterna y boliviano por adopción. Casado con una dama boliviana, dirigió la Oficina de la UNESCO en Bolivia. A él se debe la transformación del Instituto en Academia. Menorval había sido estrecho colaborador de los dos presidentes anteriores, Calvo y Ormachea, y contribuyó decisivamente a dar a conocer la genealogía boliviana en el ámbito internacional gracias a sus amplias relaciones en este campo. 

El 31 de julio de 2002, bajo la presidencia de D. Yves de la Goublaye de Menorval y Rodríguez-Quirós, el Instituto se transformó en Academia. Ambas instituciones coexistieron durante un periodo de transición, quedando el Instituto sujeto y dependiente de la Academia y bajo la dirección de la Vicepresidenta de esta, D.ª Elvira Zilveti de la Reza, conocida y entusiasta genealogista boliviana, fallecida en 2011. 

La creación de la Academia y los estándares establecidos para el nombramiento de los académicos fundadores generaron cierto malestar entre algunos miembros que no alcanzaron esa categoría. Por esta razón fue necesario mantener temporalmente el Instituto, lo que produjo duplicidad de funciones —los académicos eran miembros del Instituto, pero no todos los miembros del Instituto eran académicos— y algunos malentendidos. Finalmente, en octubre de 2003, el Instituto se extinguió y quedó integrado en la Academia. 

Del 10 al 14 de septiembre de 2002 se celebró en Santiago de Compostela, España, la XI Reunión Americana de Genealogía. En representación de Bolivia asistieron y presentaron comunicaciones genealógicas los académicos fundadores D. Yves de Menorval, D. Juan José Leñero Ferrari y D. Jorge Rivera Sánchez. Durante esa reunión se creó la Confederación Iberoamericana de Ciencia Genealógica y Heráldica, cuyo primer Presidente fue D. Yves de la Goublaye de Menorval, a la sazón Presidente de la recién creada Academia Boliviana y, al mismo tiempo, Vicepresidente de la Confederación Internacional de Genealogía y Heráldica. 

En 2003, en la ciudad de Sucre y con la asistencia de reconocidos genealogistas americanos y españoles, se inauguraron la XII Reunión Americana de Genealogía y el I Congreso de la nueva Confederación. Fue el segundo gran encuentro internacional acogido por la antigua sede de la Real Audiencia de La Plata y estuvo nuevamente presidido por D. Yves de Menorval. Las actas de esta importante reunión no fueron publicadas en papel; sin embargo, se distribuyó un CD con algunos de los trabajos presentados en aquella oportunidad. El contenido completo del CD ha sido incorporado a este portal. 

A Menorval lo sucedió D. Álvaro Carranza Urriolagoitia, quien debió conducir la Academia durante el todavía complejo proceso de transformación institucional. Casi al final de su mandato solicitó licencia para ausentarse durante dos meses al extranjero. Estatutariamente correspondía reemplazarlo al Vicepresidente, D. Rolando Rivero Lavayén, quien se encontraba convaleciente de una grave enfermedad y no pudo asumir esa responsabilidad. A su regreso, Carranza presentó su renuncia indeclinable, cuando faltaba un mes para concluir su mandato. 

Fue elegido entonces D. Mario Paz Zamora, quien, con esfuerzo, trabajo y diplomacia, logró recomponer un ambiente más propicio para el cumplimiento de los fines de la Academia. La institución recuperó un ritmo sostenido de presentaciones y reuniones que mantuvo vivo el interés por la genealogía. La labor del Dr. Paz fue especialmente productiva y se caracterizó por el entusiasmo y la dedicación que imprimió a cada una de las tareas emprendidas. 

A Paz Zamora lo sucedió D. Fernando Knaudt Banzer, hasta entonces Vicepresidente, quien, pese a atravesar serios problemas de salud, aceptó el cargo a pedido del Directorio saliente. Knaudt había formado parte de prácticamente todos los últimos directorios y realizó un importante aporte a la institucionalidad gracias a su experiencia empresarial y organizacional. El agravamiento de su estado de salud lo obligó finalmente a presentar su renuncia. 

Lo sucedió su Vicepresidente, D. Juan José Leñero Ferrari, quien concluyó el periodo inconcluso y posteriormente fue reelegido para un nuevo bienio. El Dr. Leñero Ferrari, prolífico y riguroso investigador, ha realizado un importante aporte a la denominada «limpieza genealógica», orientada a someter las tradiciones familiares y genealógicas al contraste sistemático con las fuentes documentales. Es miembro correspondiente en Bolivia de la Real Academia Matritense de Heráldica y Genealogía y pertenece, asimismo, a diversas instituciones genealógicas de Hispanoamérica. Durante casi treinta años ha investigado en los principales archivos históricos de Bolivia y España, así como en archivos de otros países hispanoamericanos. Paralelamente, ha ejercido la docencia universitaria en el ámbito de su especialidad profesional desde su regreso al país, después de haber residido más de una década en París, Francia. 

Al Dr. Leñero lo sucedió la Dra. Clara López Beltrán, reconocida historiadora y autora de numerosas publicaciones en su especialidad. Le correspondió presidir una etapa difícil, marcada por la disminución del número de miembros, tanto por numerosos fallecimientos como por la escasa incorporación de nuevos genealogistas. Paradójicamente, este periodo coincidió con un aumento exponencial del interés por la genealogía, especialmente entre los jóvenes, pero también con un creciente desinterés por integrarse formalmente en instituciones de esta naturaleza. 

Tras haber manifestado en varias oportunidades que su mandato se encontraba ampliamente concluido, pidió al Dr. Leñero, ya Presidente Honorario, que asumiera la administración de la transición hacia una nueva modalidad institucional, basada en sustituir las reuniones presenciales en La Paz por una presencia predominantemente virtual. Lamentablemente, la Dra. López Beltrán falleció tras una rápida enfermedad antes de ver concretada la iniciativa que había concebido junto con el reducido grupo de genealogistas que todavía se encontraba en condiciones de apoyar el proyecto.